Sekundarnom obradom uklanjaju se topljive organske tvari, hranjive tvari poput dušika i fosfora te većina suspendiranih krutih tvari koje su izbjegle primarnu obradu. Najčešće se primjenjuju biološki postupci u kojima mikrobi provode metabolizaciju organskih spojeva i hranjivih tvari radi rasta i reprodukcije. Dva najčešća postupka biološke sekundarne obrade jesu sustav za rast putem pričvršćivanja na podlogu i sustav za suspendirani rast. Postupak suspendiranog rasta potiče rast flokova suspendiranih mikroorganizama iz pojedinih organizama koji su već prisutni u otpadnoj vodi i povratnom aktivnom mulju. Flokovi sadrže organizme koji mogu ukloniti onečišćujuće tvari putem aerobnih, anoksičnih i anaerobnih okruženja. Kad se onečišćujuće tvari uklone, flokovi se šalju u postupak koji se odvija u sekundarnom taložniku u kojem se gravitacijom odvajaju od vode. Dio mulja na dnu sekundarnog taložnika potom se usmjerava natrag kako bi se pomiješao s primarnim efluentom (povratni aktivni mulj) te tako dobila njihova mješavina. Preostali dio mulja uklanja se iz postupka (otpadni aktivni mulj) kako bi se stvorili idealni ekološki uvjeti mikroorganizama. Sustavi za rast putem pričvršćivanja na podlogu oslanjaju se na to da se da će se mikroorganizmi pričvrstiti na podlogu i stvoriti biofilm. Staložena otpadna voda miješa se ili raspršuje preko podloge obložene biofilmom, gdje mikroorganizmi uklanjaju onečišćujuće tvari. Slično kao i u postupku suspendiranog rasta, fragmenti biofilma i suspendirani flokovi šalju se u sekundarni taložnik na odvajanje gdje se mulj reciklira i troši, a čista voda propušta u sljedeći postupak.
Kako bi biološka obrada učinkovito funkcionirala, organizmima su nužne hranjive tvari u uravnoteženom omjeru, uključujući ugljik, dušik i fosfor (koji se nazivaju C:N:P), kao i elementi u tragovima, uključujući željezo, bakar, cink, nikal, mangan, kalij, sumpor te drugi sastojci koji su obično prisutni u otpadnim vodama. Uobičajeno prihvaćeni omjer za C:N:P iznosi 100:5:1, iako neka postrojenja uspješno funkcioniraju izvan tih okvira, dok u drugima dolazi do formiranja polisaharidnog mulja ili rasta filamentnih bakterija koje nastanjuju biološke organizme i talože se u sekundarnom taložniku.
Za dovršavanje sekundarne obrade može se primijeniti više bioloških postupaka, uključujući aeracijske bazene s klipnim strujanjem, spremnike za aeraciju s potpunim miješanjem, sekvencijalne šaržne reaktore, oksidacijske jarke, prokapnike, biološke reaktore s pokretnim ležištem, aktivni mulj s integriranim fiksnim filmom i druge.
Biološkim uklanjanjem hranjivih tvari (BNR) mijenja se okolina mikroorganizama radi uklanjanja dušika i fosfora iz vode. Postupak BNR sastoji se od anaerobne (bez kisika ili nitrata), anoksične (bez kisika, nitrat je prisutan) i aerobne (prisutan je kisik) etape, tijekom kojih se voda pomiče kroz niz komora za potrebe obavljanja različitih bioloških funkcija.
Također se mogu primijeniti postupci kemijske obrade, poput kemijskog uklanjanja fosfora. Uvođenjem kemijskog precipitanta u aeracijski bazen i taložnike, fosfor se odstranjuje flokulacijom, vezanjem u netopljive spojeve koji se talože i mogu se ukloniti kao mulj.